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一些科学家认为，目前关于恐龙绝灭的理论多强调了外因，如小行星撞击、宇宙事件、地球臭氧层破坏、大规模火山群爆发、气候巨变、等等，这些外因论最无法解决的问题就是，毕竟有许多与恐龙同时代的生物种类为什么却没有灭绝？它们所赖以生存的生态环境、食物链在大灭绝之前与恐龙的并没有什么截然的不同，然而它们不仅躲过了这场劫难，而且还演化出了今天这样丰富多彩的生物世界。这种情况使得一些科学家考虑，造成恐龙灭绝更直接的原因恐怕还是恐龙自身的问题，比如说，大多数恐龙的巨大身躯与冷血的性质很可能与它们的灭绝有关。
在引起某一生物家族大规模死亡的诸多可能因素中，新的烈性传染病是一种特别值得关注的因素。现代某种病原生物引起特定的养殖业出现绝产的现象是时有发生的，而人类免疫缺陷对人类自身的危害也是众所周知的。当野生动物遇到类似的病魔时对其种群的灾难性破坏同样不可避免。从这个角度来考虑，恐龙绝灭有烈性传染性疾病的流行做背景的可能性是存在的。而且，由于微生物是造成传染病流行的主要原因，而生态环境的变化又最容易引起它们的变异，因而，即使恐龙的灭绝由灾变引起，那么其机制也极有可能是通过病原生物的变异造成恐龙免疫机能的失效而实现。
生物之间相互作用引起的生死存亡始终是生物进化史上物种更迭的重要原因之一。面对病原生物的威胁，动物的抗感染能力对其存亡是至关重要的。现代生物学已经证明，脊椎动物的抗感染功能主要由两部分构成，其一，是天然的防御（免疫学上称为非特异性免疫）系统，包括由皮肤、粘膜、血液等构成的外部和内部屏障，以及各种吞噬细胞和体液中能够杀灭病原物的因子等。这道天然的防御系统在起源上非常古老。其二，是特异性的免疫系统，主要由可识别特异性抗原的免疫活性细胞构成。这道特异性的免疫系统是动物进化到脊椎动物以后才出现的新的功能系统，到了哺乳动物和鸟类才达到较为完善的程度。
虽然目前还无法直接了解恐龙的免疫系统功能状况，但是通过比较生物学的方法，科学家还是可以推测有关的情况。乌龟、蜥蜴等与恐龙同属于爬行类的现代动物的免疫系统是很不完善的，它们体内没有完整的淋巴管道，也没有淋巴结，而且胸腺这一仅有的免疫器官也不很发育，一般没有皮质和髓质的明显分化。鸟类在胸腺组织分化不明显这一点上与爬行类相似，这也是二者具有较近的亲缘关系的一个佐证。但是鸟类其它的免疫器官却很发达，其免疫功能大大强于爬行类。爬行类体液中的抗体缺乏多样性，不可能胜任全面应付千差万别的各种病原生物的特异性免疫工作。另外，爬行动物的冷血性质在某种程度上也限制了免疫细胞的增殖速度，因此它们很难适应不同病菌的侵袭。现代生存的冷血脊椎动物的免疫系统在抗感染方面的效应较为有限，它们一般主要靠天然防御系统去非特异性地抵抗病原生物的侵袭，并在某些方面功能有所加强，例如鲨鱼有角鲨胺、青蛙有麦格宁等高效防御肽，可以使细菌结构破坏，从而弥补了免疫系统方面的缺陷，保证了种群的延续。但是这种强化因素依然无法与哺乳动物体内完善的特异性免疫系统相比美。
作为已经绝灭的爬行动物的典型代表，恐龙的免疫系统肯定是不很完善的，如果它们的天然防御系统功能又不很强的话，如果遭遇到其防御系统无法克制的病原生物的侵袭后果肯定不堪设想。
因此，有些科学家推测，在白垩纪末期，由于某种原因（可能是灾变）造成了地球上忽然演化出了多种可突破一般动物防御系统的新型病原生物，造成了疾病大流行，恐龙等大量免疫系统有缺陷的动物因无法抵御而灭绝了。结果，冷血动物中只有一些天然防御系统强化的种类得以度过了劫难，而温血的鸟类和哺乳类则因为拥有了完善而高效的免疫系统就更容易避免恶运，并借此在后来的新生代里脱颖而出，成为了地球上新的主导动物。
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